中心现有正式职工104人，内设办公室、人教科、检验科、计免科、艾滋病防治科、疫情信息科、急性传染病防治科、慢性病防治科、职业病防治科、结核病防治科、公共卫生科、宣教科、地方病科、疫苗管理科、体检中心、美沙酮替代治疗门诊、预防接种中心；下设相山、杜集、烈山、三区疾控分中心。现有房屋建筑面积6070平方米，其中实验室面积2584平方米。淮北市疾控中心近年获得各类省级、国家级荣誉20余项，并在2010年获得由国家卫生部、药监局、医管局连合下文的全国医药卫生先进集体、省科技厅乳与乳制品中三聚氰酸检测方法科技成果奖、省性病疫情管理优秀奖、省禁毒工作先进集体、全国HIV-1病毒载量检测能力验证证书、全省艾滋病检测实验室质量考评优秀、艾滋病病毒感染者/病人管理工作质量奖等荣誉。中心拥有万元以上各类检验检测设备78台件，如气相色谱仪、气相色谱质谱联用仪、高效液相色谱仪、超高效液相色谱三重四极杆质谱联用仪、原子吸收分光光度计、原子荧光分光光度计、流式细胞仪、病毒载量仪、全自动生化分析仪、半自动核酸提取仪等大型仪器设备。通过省级计量认证，现在可开展食品安全、饮水安全、职业安全、传染病、卫生细菌学、健康体检等方面检测项目280余项。