广州中医药大学第三附属医院是一所建设目标为具有专科特色，集医疗、教学、科研为一体的现代化、综合性中西医结合医院。三院始建于2001年，目前拥有广州中医药大学附属骨伤科医院和芳村区中医院两所分院。2005年成立广州中医药大学第三临床医学院，同年招收中医学（骨伤科方向）本科生，第三附属医院和第三临床医学院实行院系合一的管理体制，是广州中医药大学重要的医疗、教学、科研基地。

广州中医药大学第三附属医院设有广州中医药研究院骨伤科研究所、广东省中医骨质疏松病专病治疗中心、国家药物临床试验研究(GCP中心）、广州中医药大学骨质疏松中心、广州中医药大学股骨头坏死防治中心等，是广州中医药大学国家级重点学科和省级重点学科“中医骨伤科学”的重要组成部分，是广州中医药大学博士后流动站和博士、硕士研究生培养基地之一，现承担多项国家及省市级科研课题。

广州中医药大学第三附属医院现有职工400多人，政府授予的名中医1人，高级职称医务人员24人。博士生导师3人，硕士生导师9人。医院获奖科研成果3项，申请专利2项，自主开发研制院内制剂20余项，其中1项（中药新药6类）已获国家食品药品监督管理局临床研究批文，并成功转让。近五年来承担有国家级课题2项、省部级课题15项、厅局级课题40项、校级课题10项。

广州中医药大学第三附属医院还同海外著名医疗及科研中心――澳大利亚西澳大学开展广泛合作与交流。医院配备有各种先进医疗仪器设备，总值超过4000万元，主要由螺旋CT、双能X线骨密度仪（DEXA）、大型X光机、彩色多普勒B超机、酶标仪、全自动生化分析仪、PCR、动态心电图、心电监护仪等。中心实验室拥有的先进仪器能开展细胞学、组织免疫、组织化学、分子生物学、基因水平等检测。

广州中医药大学第三附属医院目前正加紧进行第三附属医院总院建设，总院地处荔湾区（原芳村区）龙溪大道，占地93亩，主体建筑面积近10万平方米，设计总床位800张，按具有专照三级甲等中医院标准将总院建设科特色、现代化的综合性中西医结合医院。