民航上海医院是1972年11月根据国务院、中央军委《关于批准民航组建四所各100张床位医院批复》的精神，于1973年5月经空军司令部、后勤部同意后在上海西郊组建100张床位编制的医院。1984年1月6日正式开院，隶属民航总局，由民航华东地区管理局领导，医院编制为210人，是华东地区唯一的航空医疗专业机构。1994年2月18日经上海市卫生局批准为二级综合性职工医院。1995年9月13日经上海市卫生局医院等级评申批准为二级乙等医疗机构，核定床位120张。医院占地面积11390平方米，建筑面积13674平方米。建院至今，医院的功能定位已拓展为民航、社会提供全方位的医疗及健康体检服务，主要承担民航华东地区航空医学临床、康复疗养、科研、航空医学交流和航空人员的体检鉴定等任务，拥有功能齐全、设备先进、技术一流、服务一流的航空人员体检鉴定中心，民航华东管理局航空人员体检鉴定中心前身为民航华东管理局航空体检队，成立于1995年。2007年，根据民航体制改革的总体部署和民航总局《关于公布民航西北航空医学体检中心等十三个航空人员体检委任机构名单及信息的通知》，经民航总局和上海市卫生局批准，民航华东管理局航空人员体检鉴定中心（以下简称“体检鉴定中心”）正式成立。至此，原由民航上海医院承担的各类航空医学任务转由体检鉴定中心承担，成为华东地区唯一一家公立非营利性航空医学医疗机构。
　　目前医院已进入新建大楼施工，仅设有内科门诊、外科门诊、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、妇科、中医科、针灸推拿科、心电图、B超、动态心电图、药剂科、检验科、放射科、肿瘤免疫以及由上海市知名中医专家坐诊的中医特需门诊。