地理与湖泊研究所的前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的综合研究机构。研究所的战略定位是开展自然和人文要素驱动下湖泊－流域系统过程、格局及其相互作用与调控机理研究，为湖泊环境保护与资源合理利用、湖泊-流域系统演变与调控、区域可持续发展做出基础性、战略性和前瞻性贡献。研究所主要面向湖泊水环境治理与生态修复、区域可持续发展规划与评估两大应用研究领域，重点发展物理湖泊与水文、湖泊生物与生态、湖泊沉积与环境演化、湖泊环境与工程、湖泊-流域过程与调控、流域资源与生态环境、区域人文经济地理和遥感与地理信息科学等八个学科方向。现设有湖泊与环境国家重点实验室、中国科学院流域地理学重点实验室、湖泊野外观测站（含太湖湖泊生态系统研究站、鄱阳湖湖泊湿地观测研究站、抚仙湖高原深水湖泊研究站、呼伦湖生态系统定位观测研究站、天目湖流域观测研究站和东非大湖与城市生态研究站）、湖泊-流域数据集成与模拟中心以及所级公共技术服务中心。