中国科学院上海营养与健康研究所系于2016年底，基于上海生命科学研究院人口健康方向所属的健康科学研究所、营养科学研究所、中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所、中科院-二军大转化医学研究院、中科院上海生命科学信息中心、中科院上海实验动物中心等“三所一院两中心”整合组建而设立。2018年底经中科院正式发文批准，营养与健康所顺利进入“率先行动计划”特色研究所筹建序列。研究所立足上海、辐射长三角、服务全国，针对我国符合中国人群的营养健康标准缺失、慢病防控与健康促进的控制技术方法匮乏、生物医学大数据资源流失分散等国家重大需求中的科技创新供给力问题，以任务牵引的生物信息技术（BIT）融合发展、健康保障关口前移为特色学科，以中国人群高发的肿瘤、代谢性疾病（包括糖尿病及肥胖）和心血管疾病等重大慢病为研究对象，按照慢病防控与健康促进、精准营养与食品安全、生物医学大数据与健康智库三大研究方向进行布局。