南京土壤研究所成立于1953年，其前身为1930年创立的中央地质调查所土壤研究室。南京土壤研究所现有土壤与农业可持续发展国家重点实验室、土壤养分管理国家工程实验室、农田土壤污染防控与修复技术国家工程实验室、中科院土壤环境与污染修复重点实验室、农业部耕地保育综合性重点实验室等重要研究平台；设有土壤资源与信息、土壤地力与保育、土壤环境与修复、植物营养与肥料、土壤生物与生态等5个研究部以及土壤资源与遥感应用、土壤－植物营养与肥料、土壤化学与环境保护、土壤物理与盐渍土、土壤生物与生化、土壤与环境生物修复、土壤利用与环境变化等研究单元；还拥有土壤科学数据中心（中国生态系统研究网络土壤分中心）、河南封丘农田生态系统国家野外科学观测研究站、江西鹰潭农田生态系统国家野外科学观测研究站、江苏常熟农田生态系统国家野外科学观测研究站、中国科学院三峡工程生态环境湖北秭归实验站。