中国科学院昆明植物研究所前身是静生生物调查所和云南省教育厅于1938年7月合作成立的云南农林植物研究所。1950年4月转属中国科学院，更名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站。1953年3月更名为中国科学院植物研究所昆明工作站。1959年4月，经国家科委批准，正式成立中国科学院昆明植物研究所。研究所将植物分类与生物地理、植物化学与天然产物研发、野生种质资源保藏与利用、民族植物学与区域发展、资源植物研发与产业化这五个方面为重点研究领域。研究所建有昆明和丽江两个园区，其中昆明占地面积1018亩。研究系统设置“三室一库”，即植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室、中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室、资源植物与生物技术重点实验室、中国西南野生生物种质资源库。植物标本馆（KUN）馆藏标本150余万份，是全国第二大植物标本馆。种质资源库已累计采集保存种子总量达10,285种，82,746份，种数超过中国种子植物总数的1/3。现有控股企业1家，参股企业4家：其中云南云投生态环境科技股份有限公司为深圳证券交易所上市企业，云南西力生物技术股份有限公司为新三板挂牌企业。