中国科学院昆明分院前身是中国科学院成立于1957年的中国科学院昆明办事处，1958年扩建为中国科学院云南分院，1962年，中国科学院云南分院与四川分院、贵州分院合并，共同在成都成立中国科学院西南分院。1978年10月，经国务院批准，西南分院撤销，成立中国科学院昆明分院。昆明分院作为中国科学院机关的派出机构，负责联络和协调中国科学院在云南和贵州地区的昆明植物研究所、昆明动物研究所、西双版纳热带植物园、地球化学研究所、国家天文台云南天文台5个科研单位。昆明分院建有4个国家重点实验室，6个院重点实验室，8个院地共建重点实验室，2个院级研究中心，3个共建工程中心，有中国西南野生生物种质资源库、探月工程地面应用系统40米射电望远镜、亚洲最大口径的2.4米通用光学望远镜、亚洲最大的地面太阳观测基地-抚仙湖一米太阳塔、西双版纳万种植物园和昆明动物博物馆、西南生物多样性实验室等重大科研平台，拥有一批先进的大型科研仪器设备和完善的计算机网络系统及生物多样性信息系统。