中心（National Microbiology Data Center ，NMDC）于2019年6月经科技部、财政部通知公布，由中国科学院微生物研究所作为依托单位，联合中国科学院海洋研究所、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所、中国科学院植物生理生态研究所，中国科学院计算机网络信息中心等单位共同建设，科技部国家科技基础条件平台中心和中国科学院办公厅为上级主管部门。中心数据资源总量超过2PB，数据记录数超过40亿条,数据内容完整覆盖微生物资源、微生物及交叉技术方法、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术以及微生物文献、专利、专家、成果等微生物研究的全生命周期。中心重点推进微生物领域科技资源向国家平台汇聚与整合，加强微生物资源开发应用与分析挖掘，提升微生物资源有效利用和科技创新支撑能力，为科学研究、技术进步和社会发展提供高质量的科技资源共享服务。