中心（加挂南宁市食品安全风险监测与检验检测中心、南宁市健康教育所、南宁市结核病防治所、南宁市预防医学研究所、南宁市卫生检测检验中心5块牌子）是在原南宁市卫生防疫站、南宁市结核病防治所、南宁市医学情报所、南宁市健康教育所的基础上，于2002年7月组建的副处级全额拨款事业单位。负责辖区疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与促进、技术管理与应用研究指导等工作。截至2023年底，中心占地面积35亩，有综合办公楼、门诊培训楼、理化检验楼、微生物检验楼、综合保障大楼等5栋业务用房，建筑面积21099.72平方米，其中实验室用房约8673.14平方米。此外，占地20亩的南宁市公共卫生应急处置中心已于2021年获得立项批复，目前正在建设中。核定事业编制333名，后勤服务人员控制数8名，内设机构23个。拥有三重四级杆气（液）相质谱仪、电感耦合等离子质谱仪、流动注射仪、高通量基因测序分析系统、多重病原核酸检测系统，总价值近亿元。具有CNAS认可、CMA资质认定等多项资质，是新冠病毒监测、流感、致病菌识别网等三个国家级网络实验室。检测结果国际互认，具备服务“一带一路”的检测能力。是广西首家能够开展饮用水全分析（106项）的地市级疾控中心，同时是广西首家开展基因测序并精准复核新冠病毒样品的地级市疾控机构。中心是南宁市人才小高地，拥有市级医学重点学科2个，自治区重点培育实验室1个，自治区医疗卫生重点学科2个，是华中科技大学同济医学院、广西医科大学公卫学院等多家医学院校的教学基地。