中心的前身，福州市卫生防疫站成立于1952年7月，是全国第一批甲级防疫站，2003年12月更名为福州市疾病预防控制中心，公益一类事业单位,主要承担:疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测评价与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导。中心成立以来,全面贯彻“预防为主”工作方针，加强全市传染病和慢性病防控，有效应对各类突发公共卫生事件，有力保障各类重大活动，有序开展健康相关因素监测，全力为市民提供全方位全周期的健康保障和服务，为“健康福州”建设做出积极贡献。先后荣获全国卫生计生系统先进集体、全国疾病预防控制系统“百强支部”、全国结核病防治工作先进集体、全国丝虫病防治先进集体、全国抗击非典先进单位、全省卫生系统先进集体、福建省劳模工作室、福建省五一劳动奖状、福建抗击新冠先进集体，全省先进基层党组织、福建省第十四届文明单位等荣誉。