1990年，西南站前身国家核安全局成都监督站成立。本站是继国家核安全局广东监督站、上海监督站之后成立的第3个地区核安全监督站，编制8人，主要负责我国西部地区民用核设施及核材料的核安全监督。1999年，根据国务院机构改革与调整方案，国家核安全局连职能带机构、队伍整建制地并入国家环境保护总局。与此同时，本站更名为国家环境保护总局四川核安全监督站，更名后工作职责和监督范围不变。2006年，根据环保总局职能调整方案，本站更名为国家环境保护总局四川核与辐射安全监督站，由处级建制升格为司局级建制，人员编制增至15名。所辖区域由我国西部地区调整为西南地区（重庆、四川、云南、贵州、西藏）。监督工作职能发生了较大转变，监督范围由民用核设施扩展为民用、军用核设施，监督对象由核设施扩展为核设施和核技术利用项目。2008年，随着环境保护部升格，本站更名为环境保护部四川核与辐射安全监督站，更名后工作职责和监督范围不变。自2010年起，根据环保部机构调整方案，本站更名为环境保护部西南核与辐射安全监督站，并增加、调整了部分职责，主要负责西南地区军、民用核设施的安全监督和环保部直管核技术利用项目的辐射安全监督以及辐射环境监测与督查工作。其中，对核设施安全进行监督是重中之重。通过实施抽样性的核与辐射安全监督活动，确认被监督的持证单位在核或辐射安全管理方面的有效性，核实其符合法律法规和许可证件规定条件及安全管理要求，以保障核与辐射安全。