珠江流域南海海域生态环境监督管理局为生态环境部派出行政机构，设在广州，在所辖珠江流域、韩江流域、澜沧江以东跨省界流域与国际河界（不含澜沧江）、粤桂沿海诸河和海南岛以及南海海域，依据法律、行政法规的规定和生态环境部的授权或委托，负责水资源、水生态、水环境方面的生态环境监管工作，主要承担以下职责：1、组织编制流域海域生态环境规划、水功能区划，参与编制生态保护补偿方案，并监督实施；2、提出流域海域功能区纳污能力和限制排污总量方案建议；3、承担排海污染物总量控制、陆源污染物排海监督、重点海域综合治理等工作；4、建立有跨省影响的重大规划、标准、环评文件审批、排污许可证核发会商机制，并组织监督管理；5、参与流域海域规划环评文件和重大建设项目环评文件审查，承担规划环评、重大建设项目环评事中事后监管；6、指导流域海域内入河（海）排污口设置，承办授权范围内入河（海）排污口设置的审批和监督管理；7、指导协调流域饮用水水源地生态环境保护、水生态保护、地下水污染防治有关工作；8、组织开展河湖与岸线开发的生态环境监管、河湖生态流量水量监管，参与指导河湖长制实施，河湖海水生态保护与修复；9、组织开展流域海域生态环境监测、科学研究、信息化建设、信息发布等工作；10、监督管理围填海、海洋石油勘探开发等海洋工程建设项目和海洋倾废生态环境保护工作；11、组织拟订流域海域生态环境政策、法律、法规、标准、技术规范和突发生态环境事件应急预案等；12、承担流域生态环境执法、重大水污染纠纷调处、重要生态环境案件调查、重特大突发水污染事件和海洋生态环境事件应急处置的指导协调等工作；13、承担海洋生态损害国家赔偿；14、指导协调监督流域海域内生态环境保护工作，协助开展流域海域内中央生态环境保护督察工作；15、承担生态环境部交办的其他工作。