中心成立于1994年1月,前身为巴中市卫生防疫站，2002年4月更名为巴中市疾病预防控制中心，属于公益一类财政全额拨款事业单位，为“二级甲等”疾病预防控制机构，是全市疾病预防控制指导中心。中心座落于巴中市巴州区育才街50号，占地面积4458.72平方米，建筑面积6160.67平方米，其中实验室面积2650平方米。中心主要职责是完成国家、省、市下达的重大疾病预防控制的指令性任务，实施疾病预防控制规划、方案，组织开展本地疾病暴发调查处理和报告；负责辖区内预防性生物制品管理，组织、实施预防接种工作；调查突发公共卫生事件的危险因素，实施控制措施；开展常见病原微生物检验检测和常见毒物、污染物的检验鉴定；开展疾病监测和食品卫生、职业卫生、放射卫生和环境卫生等领域健康危害因素监测，管理辖区疫情及相关公共卫生信息；组织开展健康教育与健康促进；负责对下级疾病预防控制机构的业务指导、人员培训和业务考核；指导辖区内医疗卫生机构传染病防治工作；完成上级交办的其他任务。中心设办公室、财务科、业务和质量控制科、传染病预防控制科（突发公共卫生事件应急办公室）、地慢病预防控制科（公共卫生均等化指导中心）、免疫规划科、卫生监测科、职业与辐射卫生科、检验科、公共卫生信息科、健康教育科和预防医学门诊部12个科室。中心拥有7890B-7000C气相色谱/三重四级杆串联质谱仪、AB -5500型超高效液相三重四级杆质谱联用仪、350X电感耦合等离子体质谱联用仪、900T火焰原子吸收光谱仪、罗氏480实时荧光定量PCR仪、全自动微生物鉴定系统、脉冲场凝胶电泳仪等大型高精仪器设备，现有固定资产4400余万元。建有理化实验室、微生物实验室、艾滋病确证实验室、临床检验实验室等专业实验室，并通过实验室（食品检验机构）资质认定，具备放射卫生技术服务机构资质（乙级）、职业健康检查和职业病诊断机构资质。现为四川省首批10家“食品安全风险监测示范单位”之一，全省首批8家“国家致病菌识别网网络实验室”建设单位。经过20多年建设发展，中心已建成结构合理、人员素质较高、业务及检验检测能力一流的疾病预防控制机构。