柳州市疾控中心是在原柳州市卫生防疫站（成立于1952年）基础上，合并原郊区防疫站、四城区防保站、市结核病防治所、市皮肤病防治站，于2002年11月8日组建的副处级公益一类事业单位。市疾控中心内设19个科室，内设8个职能科室，设结核病防制所、皮肤病防治所、门诊部、理化检验所、微生物检验所、艾滋病防制所、免疫规划所、慢性非传染性疾病防制与健康所、职业与放射卫生防制所、传染病防制所、环境与学校卫生防制所11个业务科室。柳州市疾控中心编制141人，在职132人，其中高级职称48人（正高11人,副高37人），中级职称43人，硕士34人。面积约12319平方米，实验室面积5412平方米，主要仪器设备659台套，固定资产9786万元，拥有基因组测序仪、原子吸收分光光度计、气相色谱质谱联用仪、全自动生化分析仪，全自动酶免工作站，基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱微生物分析系统，液相色谱-串联四级杆质谱联用仪等一批高精尖仪器设备。目前具有实验室计量认证、国家实验室认可（CNAS)、司法鉴定许可资质、放射卫生服务机构、食品检验机构、艾滋病确认实验室、从业人员健康检查机构、职业卫生服务机构、艾滋病初筛实验室的资质。中心注重科研，自成立以来科研获奖47项次，目前在研立项课题26多项。与牛津大学、香港中文大学、中国疾控中心、上海复旦大学、安徽医科大学、厦门大学、广西医科大学等组织和机构签署多项合作协议，是广西医科大学与柳州市人民政府“校市共建柳州市公共卫生人才培训基地”，是厦门大学、广西科技大学、桂林医学院的教学科研合作基地和公共卫生人才培训基地。