长江流域生态环境监督管理局为生态环境部正局级派出机构，设在武汉，实行生态环境部和水利部双重领导、以生态环境部为主的管理体制。长江流域生态环境监督管理局在长江入海断面以上流域和澜沧江以西（含澜沧江）区域，依据法律、行政法规规定和生态环境部授权或委托，负责水资源、水生态、水环境方面的生态环境监管工作，主要承担以下职责：1、组织编制流域生态环境规划、水功能区划，参与编制生态保护补偿方案，并监督实施；2、提出流域水功能区纳污能力和限制排污总量方案建议；3、建立有跨省影响的重大规划、标准、环评文件审批、排污许可证核发会商机制，并组织监督管理；4、参与流域涉水规划环评文件和重大建设项目环评文件审查，承担规划环评、重大建设项目环评事中事后监管；5、指导流域内入河排污口设置，承办授权范围内入河排污口设置的审批和监督管理；6、指导协调流域饮用水水源地生态环境保护、水生态保护、地下水污染防治有关工作；7、组织开展河湖与岸线开发的生态环境监管、河湖生态流量水量监管，参与指导协调河湖长制实施，河湖水生态保护与修复；8、组织协调南水北调等重大工程水源地水质保障；9、组织开展流域生态环境监测、科学研究、信息化建设、信息发布等工作；10、组织拟订流域生态环境政策、法律、法规、标准、技术规范和突发生态环境事件应急预案等；11、承担流域生态环境执法、重要生态环境案件调查、重大水污染纠纷调处、重特大突发水污染事件应急处置的指导协调等工作；12、指导协调监督流域内生态环境保护工作，协助开展流域内中央生态环境保护督察工作；13、承担生态环境部交办的其他工作。