阿坝藏族羌族自治州疾病预防控制中心组建于2002年12月26日，前身为阿坝州卫生防疫站、阿坝州皮防所，成立于1956年9月5日。是经阿坝州委、阿坝州人民政府批准成立的正县级行政管理类卫生事业机构，承担全州疾病预防与控制、突发公共卫生事件调查与处置、儿童免疫规划与实施、重大疾病防控与规划、大骨节病等地方病及包虫病等寄生虫病综合防治、食品安全等五大卫生领域健康危害因素监测、致癌物等有毒有害场所监测与控制、促进公共卫生均等化等工作。负责对各县疾病预防控制中心工作进行技术指导，开展医疗机构消毒等检测与管理工作。编制105名，内设办公室、健康教育所、传染病管理所、免疫规划所、质量管理科、人事科、地方病防治研究所、卫生监测检验中心、职业卫生与中毒控制科、病毒性疾病预防控制科、公共卫生监测所、皮肤病性病防治研究所、慢性病防治研究所、规划财务科14个所科室。单位多年被州委、州政府评为文明单位、最佳文明单位，多次荣获国家、省、州先进集体和优秀单位荣誉称号，获中共阿坝州委员会、阿坝州革委会“勇攀科学技术高峰”称号。