2003年，根据国家卫生防疫体制改革要求，在原乐山市卫生防疫站基础上重新组建乐山市疾病预防控制中心,在卫生行政部门的领导下，具体实施政府对疾病预防控制、卫生监督执法技术支撑、健康教育、应用性研究的职能。中心现有在职职工102人，专业技术人员71人。其中高级专业技术人员13人，中级专业技术人员27人，硕士研究生6名。中心实验室占地近2000平方米，现有理化实验室、微生物实验室以及临床检验实验室，拥有荧光定量PCR仪、全自动血球分析仪、全自动生化分析仪、蛋白印迹仪、流式细胞仪、全自动细菌鉴定仪、全自动加样系统、全自动分液系统、气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收光谱仪、离子色谱仪、紫外分光光度仪、ICP等先进的检测仪器设备。近几年，中心又先后投入数百万元建设了食品检验室、水质检验室、碘分析室、精密仪器室、百级洁净室、万级洁净室、卫生细菌检验室、肠道病原菌检验室、分子生物学实验室、流式细胞检测室、艾滋病筛查确证实验室、流感培养实验室（负压）以及结核药敏实验室（负压）。中心通过实验室计量认证，取得了职业卫生技术服务机构资质证书、职业健康检查机构资质证书、职业病诊断机构资质证书，全省率先开展公共场所集中空调通风系统卫生学评价，艾滋病实验室是全省最早开展艾滋病确认的市级实验室。中心按照《疾病预防控制机构建设若干规定》对市级疾控中心的要求开展了疾病控制、卫生应急、免疫规划、健康危害因素监测、健康体检、检验检测等各项业务工 作。其中艾滋病防治工作成绩突出，在国内外有一定的知名度，每年均有来自国内外的组织或代表团来我中心考察观摩艾滋病防治工作。