内蒙古疾病预防控制中心是在原内蒙古疾病预防控制中心、内蒙古地方病防治研究中心和内蒙古结核病防治所3家单位基础上，于2013年合并组建成立，是直属自治区卫生健康委领导的副厅级公益性事业单位，加挂食品安全风险评估中心、内蒙古卫生检验检测中心。中心主要承担全区传染性疾病、慢性非传染性疾病、地方病、病媒生物传播疾病等预防与控制;突发公共卫生事件应急处置和疫情报告;职业卫生、放射卫生、食品卫生和环境卫生等健康危害因素的监测与干预及科研教学等工作。中心建筑面积37400平方米，占地76亩，实验室建筑总面积26000平方米，建有内蒙古自治区首座生物安全三级（P3）实验室。现有2座鼠疫野外培训基地，设有理化实验室、微生物实验室、艾滋病确证实验室、麻疹实验室、脊髓灰质炎实验室、传染病检测实验室、鼠疫实验室、布病实验室、卫生毒理实验室、消杀实验室、二级清洁动物实验室等，共计建成28个生物安全二级实验室，其中4个为自治区重点学科实验室。中心现有大型仪器设备2000余台件，包括基因测序仪、飞行质谱仪等，共计通过国家实验室资质认定1100余项。中心新址建设有120㎡双四路双运营保障的B级模块化机房，可同时满足20套信息化系统的同步运行，目前中心已有和在建平台包括：全面免疫规划信息管理系统、中国疾控中心传染病信息系统、职业卫生信息报告系统、食源性疾病管理系统、食品安全风险评估系统、实验室管理系统等。