中心成立于2005年12月，为正县级财政全额预算管理卫生事业单位，建筑面积25000余平方米，设有泰山学者工作站和博士工作站各1处，现为山东大学、山东第一医科大学、济宁医学院等高等院校的实践教学基地。主要履行疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等基本职责。中心不仅承担了全市疾病预防与控制的技术指导等业务工作，也在支援新疆、抗震救灾、大型活动应急保障等方面发挥了重要作用。连续多年被评为省级文明单位，先后被授予全省抗击新冠肺炎疫情先进集体、全省先进基层党组织、全省卫生健康工作先进集体、全国五四红旗团支部等荣誉称号。