中心成立于2003年1月，是市卫生健康委直属的公益一类事业单位，副处级建制，为实施疾病预防控制职能的公共卫生核心专业机构。2018年，“扬州市公共卫生中心异地新建”是市委、市政府确定民生工程和重大项目之一，历经2年多的建设，2020年12月29日，扬州市公共卫生中心建成并全面启用。中心由市疾病预防控制中心、市血地防办、市医学检验中心、12320管理中心等多部门组成，增挂“江苏省公共卫生研究院扬州分院”“全省公共卫生医师规范化培训扬州基地”牌子。新中心用地面积29亩，建筑面积2.8万㎡，其中实验室面积超过1万㎡，项目总投资3.8亿。中心设23个科室，主要职能包括承担全市疾病预防控制、环境与职业健康、疾病病原生物检测鉴定、放射卫生和学校卫生、健康教育与促进、疾控体系信息化建设等工作；开展突发公共卫生事件调查、处置以及食品安全事故流行病学调查，对重大公共卫生问题进行风险评估；建立与医疗机构医防协同机制，指导基层医疗机构开展基本公共卫生服务。