福建省食品药品质量检验研究院的前身是1936年在福建省卫生试验所内设立的化学课。新中国成立后，1953年成立福建省卫生防疫站时，在化验科内设立了药检室。1956年成立福建省卫生厅药品检验所。1979年独立机构建制，定名为“福建省药品检验所”。1984年卫生部批准成立“中华人民共和国福建口岸药品检验所”，授权对福建口岸进口药品进行法定检验。1992年福建省编制委员会批准成立“福建省药品质量研究所”，承担药品质量标准与药品检验新技术、新方法的研究工作。1995年经福建省卫生厅批准建立“新药药理研究基地”。2014年福建省药品检验所更名为“福建省食品药品质量检验研究院”。2021年5月，福建省医疗器械与药品包装材料检验所并入福建省食品药品质量检验研究院，组建新的福建省食品药品质量检验研究院，并加挂“省医疗器械与药品包装材料检验所”和“海峡化妆品保健食品检验检测中心”牌子。福建省食品药品质量检验研究院为福建省药品监督管理局下属财政全额拨款，公益一类事业单位，内设3个管理科室（综合科、保障科、业务科），8个检验所（化学药品检验所、中药检验所、生物制品检验所、化妆品保健食品检验所、无源医疗器械检验所、有源医疗器械检验所、药理毒理检验所、微生物检验所）。现有仪器设备2008台（套），总值达1.5亿元。2020年新建成杨廷路食品药品检验大楼，建筑面积约1.7万平方米，共13层。本院现有通湖路和杨廷路两个院区，实验室总面积约2.8万平方米。主要职责：承担有关药品、化妆品、医疗器械质量的检验、检测等技术服务工作；开展相关检验方法和检测设备的研究；负责并指导本省域内药品（含进口药品）检验和技术仲裁工作；开展海峡两岸及国内部分区域的化妆品、保健食品的检验检测工作；承担医疗器械与药品包装材料产品注册和质量监督检查等技术性、事务性、辅助性工作。具备药品、医疗器械、洁净区（室）环境、药品包装材料和容器、化妆品、生物制品、保健食品等领域2097个项目参数的检验能力。福建省食品药品质量检验研究院坚持以“科学、公正、准确、服务”为质量方针，支撑监管，服务产业，保障人民群众用药安全有效。