中心成立于2003年7月，是在原厦门市卫生防疫站的基础上，整合厦门市结核病防治所、市健康教育所、市港口卫生防疫站、市性病防治办、市肿瘤防治办等单位组建而成的，加挂厦门市卫生检测检验中心、厦门市慢性病防治中心、厦门市健康教育所、厦门市结核病防治所、厦门市职业病防治所等牌子，是厦门市政府举办的公益一类事业单位。中心现有办公室、人事科、业务质量管理科、信息与设备科、急性传染病预防控制科、免疫规划科、公共卫生科、消毒与病媒传染病预防控制科、慢性病与地方病预防控制科、结核病与艾滋病预防控制科、检验科、健康教育促进科、放射卫生与职业病科13个科室。中心主要从事基本公共卫生服务工作，主要职责：1.传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制；2.突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；3.疫情及健康相关因素信息管理，开展疾病监测，收集、报告、分析和评价疾病与健康危害因素等公共卫生信息；4.健康危害因素监测与干预，开展食源性、职业性、放射性、环境性等疾病的监测评价和流行病学调查，开展公众健康和营养状况监测与评价，提出干预策略与措施；5.疾病病原生物检测、鉴定和物理、化学因子检测、评价；6.健康教育与健康促进，对公众进行健康指导和不良健康行为干预；7.疾病预防控制技术管理与应用研究指导等。