中心成立于1952年，是河南省建立最早的地级市卫生防疫站，2004年更名为开封市疾病预防控制中心，同年12月中心机构规格由副县级调整为正县级。2006年6月，由东大街90号整体搬迁至开封市汉兴路155号。目前中心实验室面积达3071.5平方米，建有局部百级无菌实验室、万级霉菌实验室、常压P2生物实验室、负压P2生物实验室、艾滋病初筛确认负压P2生物实验室、PCR分子生物实验室等微生物实验室，电感耦合等离子体质谱仪(ICP-Ms)、气相色谱/三重串接四极杆质谱仪（GC-MS-MS）、超高压液相色谱/三重串接四极杆质谱仪(LC-MS-MS)等大型仪器实验室，常用色谱实验室、光谱实验室、普通仪器实验室。能开展免疫学、分析化学、分子生物学及健康相关产品微生物检测、理化检测、寄生虫病病原学检测，职业卫生场所监测、公共卫生场所监测、生活饮用水检测、居住环境有毒有害因素监测等共计检测634项（食品类323项、非食品类311项），检验设备达标率在95%以上。中心实验室被批准为开封市唯一一家预防医学重点实验室，并已取得实验室“资质认定计量认证证书”、“食品检验机构资质认定证书”、“职业卫生技术服务机构资质证书”、“公共场所卫生技术服务机构资质证书”。中心疫情网络直报、信息交流、数据传递等工作实现了网络化、快速化和无纸化办公。中心在河南省级专项工作中，从屠宰场冷藏后整禽中分离出一株罕见科瓦利斯沙门氏菌（Corvallis），被国家菌种库作为标准菌株收藏。主要工作职能 中心的主要工作职能是开展传染病、寄生虫病、性病艾滋病、地方病、学生常见病、慢性非传染性疾病及消毒虫媒生物等疾病的预防与控制；承担突发公共卫生事件应急处置，疫情报告及健康相关因素信息管理；食品、化妆品、涉水产品等与健康相关的生活用品卫生学监测及卫生毒力学实验与应用研究；实验室监测分析与评价；健康教育与健康促进的技术指导与应用；职业病防治、射线防护、从业人员健康体检、大众健康体检等预防医学领域的各项工作和全市重大活动公共卫生保障；同时承担着对所辖县、区疾病预防控制机构的业务指导、考核和技术示范职能。同时还是郑州大学、河南中医学院、新乡医学院等多所高等医学院校的实习教学基地。