中心前身为省卫生防疫站，成立于1953年。2003年11月，经省机构编制委员会批准，撤并省卫生防疫站、省结核病防治研究所组建成立省疾病预防控制中心，核定编制470人，规格副厅级，经费实行全额预算管理。2006年2月，整体搬迁至郑东新区，占地80亩，总建筑面积34190平方米。设立9个业务所（中心）、6个职能处室、13个直属科室。拥有各类仪器设备总价值1.56亿元，达到国内一流水平。通过国家认可委的认可和原卫生部的计量认证，认证认可项目达976项，被商务部第一批授予“定点食品安全检测机构”， 2014年获国家食品药品监督管理局“保健食品注册检验机构”资质认可，被原国家卫计委授予“国家食品安全风险监测河南中心”。目前已经获5项国家检测检验认可资质。建有全省唯一的BSL-3实验室、49个BSL-2实验室（其中10个为加强型BSL-2实验室）、省A级SPF动物实验室、菌（毒）种保藏中心、国家级艾滋病确证实验室、WHO认证的脊灰实验室、结核病参比实验室、淮河流域癌症综合防治项目实验室，以及“国家致病菌识别网”区域中心实验室等。