宁夏疾病预防控制中心作为省级疾控中心基本职责是：疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究。中心于2002年7月由原自治区卫生防疫站、自治区地方病防治所和自治区劳动卫生职业病防治所整合组建。加挂“宁夏回族自治区地方病防治所”、“宁夏回族自治区性病艾滋病防治中心”、“宁夏回族自治区疾病预防控制科学技术研究中心”、“国家食品安全风险监测宁夏中心”牌子，是自治区继续医学教育培训基地、宁夏医科大学教学实习基地和自治区大学生校外实践教学基地。中心有6个业务所（疾病预防控制所、慢性非传染性疾病预防控制所、公共卫生所、职业病防制所、地方病与寄生虫病防制所、预防医学检验所），科室29个（职能科室8个、业务科室20个）。中心取得WHO和国家认证的实验室有11个：国家致病菌识别网省级中心实验室、脊髓灰质炎实验室、性病中心实验室、艾滋病确证中心实验室、麻疹实验室、碘缺乏病实验室、省级流感参比中心、乙脑诊断参比实验室、包虫病诊断参比实验室、疟疾诊断参比实验室、土食源性寄生虫病诊断参比实验室，鼠疫强毒实验室1个，二级生物安全实验室9个。本周期推荐认可（CNAS）项目共有36类583项，推荐认证（CMA）项目22类400项。