中心成立于2002年1月11日，由四川省卫生防疫站、省劳动卫生职业病防治研究所、省寄生虫病防治研究所、省地方病防治研究所和省结核病防治所合并组建，是主要从事疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的省级公益一类事业单位。同时挂有“四川省预防医学科学院”的牌子。依法承担疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等公共职能。中心设有9个职能处室和16个专业部门。现有建筑面积4.5万㎡，拥有超高液相-四级杆-飞行时间串联质谱仪、高效液相色谱-串联四级杆质谱、全自动DNA分析仪、流式细胞仪、超高效液相色谱三重四级杆串联质谱仪、气-质-质仪、全自动实时荧光定量PCR检测系统等1564套（件）仪器设备。中心为”三级甲等“疾控中心。现有技术服务资质10项，其中国家级5项，省级5项；24类1117项检验检测项目通过认证认可，开展A类检验项目355项，开展率达96.21%。中心建有血吸虫病流行病学、包虫病流行病学及防治、现场流行病学、结核病流行病学4个省医学重点学科；艾滋病确认实验室、病原微生物分子生物学实验室 2个省医学重点实验室。与四川国际旅行保健中心共建有“口岸疫病疫情监测四川省重点实验室”，在建“中毒理化检测实验室”省医学重点实验室。中心是中国疾病预防控制中心现场流行病学、全国艾滋病防治区域培训两个国家级培训基地。中心建有四川省现场流行病学培训项目，也是国家疾控机构公共卫生医师规范化培训试点单位，每年面向全省各级疾控中心招收学员。中心先后获得国家相关部委、省委省政府及其他相关机构组织的多项表彰。