中心成立于2000年12月，为全额拨款的副厅（局）级公益一类事业单位，增挂重庆市救灾防病应急处理中心、国家食品安全风险监测重庆中心等牌子，2023年12月增挂重庆市预防医学科学院，系多所高等院校教学实习基地、研究生联合培养基地、国家现场流行病学培训基地、重庆市生物安全培训基地、全市疾控系统进修培训基地和重庆市公共卫生医师规范化培训基地。中心以“开展疾病预防控制，提高公共卫生能力，保障人民健康”为宗旨，主要承担疾病预防与控制、消毒与病媒生物控制、免疫规划、突发公共卫生事件预防控制、健康危害因素监测评价和干预、食品安全风险监测与食源性疾病控制、公众健康和营养状况监测与评价等13项职责任务，内设行政办公室、党委办公室、科技信息处、人事处、资产管理处和应急处理办公室6个职能处室和传染病预防控制所、免疫规划所、性病艾滋病预防控制所、地方病与寄生虫病预防控制所、慢性非传染性疾病预防控制所、消毒与媒介生物控制所、公共卫生安全与监测所、理化与卫生毒理检测所、微生物检测所9个专业所。中心仪器设备总值达3亿元，取得国家级检验检测机构资质认定12大类、95小类、1526项参数；取得中国合格评定国家认可委员会（CNAS）实验室认可12大类、95小类、1488项参数。中心目前拥有的检验检测仪器设备总值和实验室认可参数在西南地区均位居第一。中心是西部地区唯一完成迁建的省级疾控中心，拥有2万m2实验室及动物房，面积位居西部第一。中心已经配备了超高效液相色谱串联高分辨质谱2台，高分辨Orbitrap气质联用仪1台等高精尖设备，也是西部地区中唯一配备实时直接分析（DART）质谱离子源、MT50现场便携式多级质谱系统的省级疾控中心。中心拥有1个固定BSL-3实验室和2个移动BSL-2实验室，具备新冠病毒、高致病性禽流感病毒、鼠疫耶尔森菌、埃博拉出血热病毒和猴痘病毒（已通过评审）等病原微生物实验活动资格，建成病原体测序溯源平台和国家级流感、致病菌识别网络实验室，在全国率先分离出新冠病毒德尔塔变异毒株，在中国大陆地区首次检测出猴痘病毒，是全国首批开展蜱传疾病专项监测的工作单位。