中心于2002年3月28日在原济南市卫生防疫站基础上组建而成，是济南市政府对社会实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益性事业单位。为适应新时期疾控工作的任务和要求，进一步建立符合疾病预防控制工作特点的管理体制和运行机制，2021年9月完成中心科所调整。现有13个职能部室、20个业务科所及工会、团委、妇委会3个群团组织。中心不断加强疾病预防综合控制能力建设，加快济南市预防医学研究院和山东大学附属疾控中心，建立院士工作站和泉城学者工作站，是国家人体生物样品监测项目重点实验室、全国环境与健康研究基地、全国环境健康风险评估试点、全国疾病预防控制信息化试点，是山东大学、山东第一医科大学、悉尼大学等高等院校实践教学基地。中心先后获评全国卫生系统先进集体、全国抗震救灾医药卫生先进集体、全国艾滋病防治工作先进集体、全国科普教育基地、全国巾帼文明岗、全国新疆脊灰防控工作先进单位、山东省富民兴鲁劳动奖状、山东省抗击新冠肺炎疫情先进集体等470余项荣誉。