校区位于大庆市高新技术产业开发区，占地面积114万平方米，规划建筑面积32万平方米，2004年10月建成投入使用后，进一步提升了哈尔滨医科大学的综合实力和竞争能力，拓展了学校发展空间。大庆校区现有专兼职教师945人，其中龙江学者2人，哈医大星联岗位26人，博士、硕士研究生导师54人。设有基础医学院、护理学院、医学检验与技术学院、药学院、康养产业学院、人文社科系、医学信息学系、精神卫生学院、体育教研部、公共外语教研部等10个教学院（系、部）。建有1个中心实验室，9个教学、科研实验中心，实验室总数93个。建筑总面积13.45万平方米，固定资产总值5.34亿元，教学仪器设备总值3.69亿元。哈尔滨医科大学的护理学科为国家一级博士、硕士学位授权点和省级重点学科。大庆校区现有25个学科专业开展了博士、硕士研究生教育；普通本科设置16个专业（含方向），涵盖了医学、理学、管理学、工学四个学科门类，其中医学检验技术和护理学专业为国家级一流本科专业建设点和省级重点专业，精神医学、康复治疗学、中药学、药物制剂、医学实验技术等5个专业为省级一流本科专业建设点。截至目前，在校生总数8000余人。学校设有5个临床教学医院，为学生临床专业教学及实习、实训提供了有力的条件保障和充足的资源平台。近三年，本科毕业生去向落实率95%以上，标志着大庆校区的办学理念和人才培养质量得到了社会的高度认可。大庆校区科研工作成果显著，近年来承担国家、省、市科研立项课题847项，其中国家自然科学基金资助项目79项，国家社会科学基金资助项目1项，教育部课题15项(教育部人文社会科学研究项目14项)，省自然科学基金资助项目79项，其中杰出青年基金项目2项；在国家级、省级学术期刊发表教研、科研论文2197篇，发表第一作者或通讯作者SCI收录论文474篇，其中影响因子超过5以上的99篇，超过10以上的10篇；出版专著、教材、工具书600余部；获国家级，省、部级，市级科研成果奖407项，其中教育部高等学校科学研究优秀成果二等奖2项，中华医学科技奖（医学科学技术奖）三等奖1项，黑龙江省政府科学技术一等奖1项、二等奖6项。黑龙江省慢性病基础研究与健康管理重点实验室、黑龙江省寒地疾病精准诊疗技术创新中心、黑龙江省医学科学院生物制药研究所、中国人民解放军军事医学科学院环境医学研究基地、黑龙江省高校工程技术研发平台新药技术研发平台等都设在校区。大庆校区先后同美国、英国、澳大利亚、日本、俄罗斯等国家的近20所院校建立了友好校际关系，并广泛开展学术交流与办学合作，开展了多元化的合作交流，开放、融合的国际化办学模式正逐步形成，实现了冲出黑龙江、全国领先的跨越式发展目标。